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Eines der Hauptziele von Shipstern ist aktiver und praktischer Naturschutz im Feld. Die Hauptarbeit bei deren Umsetzung sind bis heute die Kontrollrundgänge. Diese werden täglich in allen Gebieten des Reservats durchgeführt. Abgelegene Gebiete werden mit Hilfe von 2-3-tages Patrouillen abgedeckt. Dort werden Camps eingerichtet für Übernachtungen.
Während den ersten sechs Monaten des Jahres werden in der Shipstern Lagune zusätzliche Überwachungsarbeiten durch die Parkangestellten geleistet. Von Iguana Camp aus partouilliert ein Parkwächter, welcher dort mit seiner Familie untergebracht ist, einige Male pro Tag um zwei Mangroveninseln mit grossen Kolonien des bedrohten Amerikanischen Waldstorchs. Seit der Rückkehr des Waldstorchs ins Reservat im Jahre 1992 konnte die Population durch diese Schutzmassnahmen auf durchschnittlich 200 Paare erhöht werden.
Der Field Station Manager und sein Team sind die Hauptverantwortlichen für den Naturschutz vor Ort. Nebst den Kontrollrundgängen kümmern sich die Parkwächter um die Infrastukturen und um die Betreuung von Schulklassen und anderen Besuchern, welche sie durch das Reservat führen.
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